妇女遭受的苦难最为深重。日军驻南京第114师团的一名士兵田所耕三回忆说，妇女不论老幼，都逃脱不了被强暴的命运。我们从下关派出运煤车，到南京的大街小巷和附近村庄中抓回许多妇女。然后我们将每个妇女分配给15~20名日本士兵，任由他们奸淫凌辱。 仍然健在

　　“妇女遭受的苦难最为深重。”日军驻南京第114师团的一名士兵田所耕三回忆说，“妇女不论老幼，都逃脱不了被强暴的命运。我们从下关派出运煤车，到南京的大街小巷和附近村庄中抓回许多妇女。然后我们将每个妇女分配给15~20名日本士兵，任由他们奸淫凌辱。”

　　仍然健在的日本老兵称，日军曾正式宣布强暴敌国妇女为非法行为。然而，强奸在日本的军事文化和迷信中有着根深蒂固的影响，因而没有人认真执行这项规定。许多人相信强奸处女能够让他们在战斗中表现更神勇，有些士兵甚至随身佩戴着用受害者的阴毛制成的护身符，他们相信这些护身符具有使他们免于受伤的魔力。

　　军队禁止强奸的政策只是起到了鼓励士兵在强奸妇女后将她们杀死的作用。在为拍摄纪录片《以天皇的名义》所进行的一次采访中，日本老兵东史郎直言不讳地谈到日军在南京实施强奸并将受害者杀害的过程：

　　我们先是对她们说一些淫秽的话，像是“屁看看”，意思是“让妇女张开大腿看她们的私处”。那时，中国妇女不穿内裤，只穿外裤，然后用一根细绳系住，她们不用腰带。所以我们只要扯掉细绳，她们的臀部便暴露无遗，于是我们就“屁看看”。我们先将她们调戏一番，然后就会有人说“今天该我泡澡”之类的话，轮奸开始了。如果只是强奸她们的话，倒也没什么。当然我不该这样说。我们通常都会将她们刺死，因为死人不会告发我们。

　　当谈到这个问题时，田所耕三同东史郎一样坦率。“强奸后，我们还要杀死她们。”他回忆说，“强奸后只要一放开她们，有些妇女就会拔腿而逃。于是我们就‘砰’的一枪从背后射击，将她们解决掉。”仍然健在的老兵回忆说，许多日本士兵对此没有丝毫负罪感。“或许在强奸时，我们把她看作一个女人。”东史郎写道，“当杀掉她时，我们只是把她当作猪一般的动物而已。”

　　不仅士兵如此，各级军官也都荒淫不羁。(甚至连日军第6师团团长谷寿夫这样的高级将领，后来也被发现在南京对大约20名妇女犯有强奸罪。33)一些军官不仅怂恿士兵在南京城里轮奸妇女，还告诫他们事后要将这些妇女处理掉，从而销毁罪证。“完事后要么给她们钱，要么在偏僻处将她们杀掉。”一位军官曾这样提醒下属。

　　1937年12月17日上午，松井石根来参加庆祝占领南京的阅兵式，日军在这座城市的杀戮和强奸才略有收敛。松井石根大病初愈，肺结核的折磨使他仍显得很虚弱。他先是乘坐海军的汽艇溯江而上，然后换乘轿车来到南京城东中山门的三孔拱门处。他在那里骑上一匹栗色骏马，调转马头朝向东京天皇宫殿的方向，对着日本国家广播公司领呼三声天皇万岁：“天堂之阶最伟大的元帅——万岁——万万岁！”35之后他策马驰向一条大道，路上的死尸已经被仔细清理干净，成千上万的士兵夹道欢迎他。松井最后到达城北的大都会饭店，当晚日军在那里为他举行了欢迎宴会。

　　据记载，松井在宴会期间已经开始怀疑在南京发生了极端可怕的事情，他当晚就召开参谋会议，并命令所有非军事所需的部队全部撤出南京。第二天，西方新闻媒体报道说，日军内部正在实施一个守口如瓶的大阴谋，以防松井石根知道南京暴行的全部真相。

　　当松井石根了解到日军在南京实施强奸、屠杀和劫掠的严重程度后，看得出来他极为沮丧。1937年12月18日，他对自己的一位文职助手说：“现在我了解到，我们已经不自知地给这座城市带来最深刻的痛苦与创伤。每当想到我的许多中国友人逃离南京时的悲愤和感伤之情，以及两国关系的未来，我不禁感到灰心丧气。我觉得自己很孤独，而且永远都不可能对这次胜利感到欢欣鼓舞。”37那天上午，松井甚至在对媒体发表的声明中流露出一种遗憾的情绪：“我本人对民众所遭受的苦难深感遗憾，但如果中国不改变政策，皇军仍然必须继续留驻。现在是冬天，这个季节给了中国领导人反思的时间。我本人对100万无辜民众不胜同情。”

　　当天晚些时候，这位日军指挥官在为此次侵华战争中死去的士兵主持慰灵祭时，松井就日军在南京实施的疯狂暴行斥责了在场的300名军官、师团指挥官和其他相关人员。一位日本记者松本写道：“以前从未有过一位上级军官对下属进行过如此严厉的训诫。日军对松井的行为表示难以置信，因为在场的军官中有一位皇室的亲王。”

　　12月19日是周日，松井搬到南京城外朝香宫的司令部，第二天便登上一艘驱逐舰返回上海。然而，或许是受绝望情绪驱使，松井一回上海就做出了更惊人的举动：他对《纽约时报》吐露了自己的担忧，甚至对一位美国记者说“日本军队或许是当今世界上最无法纪的军队”。当月，他还给朝香宫亲王的参谋长发过一条不客气的信息，他写道：“有传言说不法行为仍在持续，正因为朝香宫亲王是我们的指挥官，日军才应该更严格地遵守军纪和道义。对任何违法乱纪者都应严惩不贷。”

　　1938年1月1日，松井仍因日本士兵在南京的恶劣行径而郁郁寡欢。在一次祝酒时，他向一位日本外交官吐露了自己的苦闷：“我的部下犯了严重的错误，这令人极度懊恼。”

　　然而强暴和屠杀仍在继续，对此松井石根似乎无力阻止。如果数年之后松井在法庭上的供述可信的话，他对南京的这次短暂访问甚至使他在其同僚面前伤心落泪。“慰灵祭仪式结束之后，我立即召集高级军官训话，甚至在他们面前流下了愤怒的泪水。”1948年被处以绞刑之前，松井对他的佛教忏悔法师说，“当时朝香宫亲王和柳川中将都在。我斥责他们说，由于日本士兵的暴行，我们的一切战斗成果都化为泡影。可是你能想象吗？这件事之后，那些实施暴行的士兵竟然嘲笑我。”

　　发生在南京的大规模强暴案件导致了一个极为荒诞的后果，那就是日本政府面对西方国家铺天盖地的抗议和反对所采取的应对方式。日本最高统帅部并不阻止或惩罚施暴的士兵，而是谋划建立一个庞大的地下军妓系统，将魔爪伸向亚洲千千万万的妇女。日本中央大学著名历史教授吉见义明说：“由于在上海和南京的战争中发生了大规模强暴案件，日本害怕来自中国、美国和欧洲国家的批评，于是日本华中方面军发布命令，要求在战争期间修建慰安所。”

　　该计划的实施方式简单直接，日军通过诱拐、购买或绑架的方式将8万~20万名妇女(她们大部分来自日本的殖民地朝鲜，但也有许多妇女来自中国大陆、中国台湾、菲律宾和印度尼西亚)纳入地下军妓系统，希望借此减少日本士兵随意强奸当地妇女的案件(从而减少国际社会对日本的批评)，并犒赏在前线长期作战的士兵，还可以通过使用避孕套控制性病的传播。当然，后来全世界了解了这一计划后，日本政府却拒绝承担责任。在战后几十年的时间里，日本政府坚称经营这些战时军队妓院的是私营企业而非政府。但1991年，吉见义明从日本防卫厅的档案中发现了一份题为“关于为军队妓院招募妇女”的文件。这份文件盖有日本最高统帅部领导人的私人印章，并命令立即修建“性慰安设施”，以阻止军队在中国占领区内强暴妇女。

　　1938年，第一家官方慰安所在南京附近开张。用“慰安”二字修饰这些妇女或是她们居住的“房屋”都显得滑稽可笑。“慰安”二字唤起的是人们脑海中对温柔乡的幻想，美丽的艺妓悠闲地弹着琵琶，或一边为男人洗澡一边为他们做着指压按摩。而在现实中，这些慰安所的肮脏程度超出了大多数文明人的想象。不计其数的慰安妇(日本人称她们为“公共厕所”)在得知自己的命运后自杀身亡，还有些人要么死于疾病，要么被日军杀死。那些侥幸活下来的妇女则终生蒙受耻辱，无颜见人，承受着不孕或疾病缠身的痛苦。由于大多数受害者来自崇尚妇女贞节的文化背景，因此战后鲜有幸存者提及自己的经历，担心会面对更多的羞辱和嘲弄，这种情况直到最近才略有改观。亚洲的儒家文化把妇女的贞洁看得比生命还重要，并且根深蒂固地认为，任何有如此耻辱经历的妇女如果不自杀，她的存在本身就是对社会的侮辱。因此，半个世纪以来，只有极少数妇女勇敢地打破沉默，并要求日本政府对她们所遭受的苦难进行经济赔偿。

　　现在我们终于要回答最令人困惑的问题了——南京大屠杀过程中日军的心理状态。在那些手持步枪和刺刀的年轻士兵心中，究竟是什么因素促使他们实施如此残酷的暴行？

　　许多学者为此绞尽脑汁，仍然难得其解。西奥多·库克在与妻子治子·塔亚·库克合著的《战争中的日本：口述历史》(Japan at War: An Oral History)一书中坦承，日军在南京大屠杀过程中的残暴程度令他困惑不已。他发现日本内战史中没有过如此邪恶的事件；相反，对城市人口进行有计划的毁灭和屠杀似乎是蒙古历史而非日本历史的组成部分。他说，试图检视日军在南京大屠杀期间的心理状态的难度堪比探索“黑洞”。